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1. 蛋白质谱的作用
蛋白质芯片是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用，筛选药物作用的蛋白靶点等。
2. 质谱 蛋白质
肽指纹图谱：
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每个蛋白都有理论上消化后所得出的不同肽段，这些肽段的质量（分子量）就是这个蛋白的肽指纹图。
当一个未知蛋白被酶解，用质谱可以检测出其中所含有几乎所有肽段的质量。然后把这些质量与数据库中已知的所有蛋白指纹进行匹配。
匹配分值高过一定的 就可以认为索要坚定的蛋白就是那个目的蛋白。
步骤：
2DE 切点 消化 送入质谱仪分析 质谱仪自动获得质量数 送入数据库进行搜索 得出结果。
关键：要知道质谱仪是用于检测小分子质量的仪器，只可以检测质量。
3. 蛋白质质谱技术的主要原理
研究对象涉及到生物体且生物体内表达蛋白，理论上都可以应用蛋白质组学。
蛋白质组学是以研究生物体蛋白组成及其变化规律为目的的应用科学。主要使用的仪器为液质联用高分辨率质谱仪。详细来说，蛋白质组学包含许多分支：非标定量蛋白质组学（定性研究生物体的蛋白组成），定量蛋白质组学（对生物体蛋白表达含量进行测定），修饰蛋白质组学（对蛋白质翻译后修饰进行检测）及相互作用蛋白质组研究（蛋白质直接相互作用机制解析）等。
蛋白质组学属于后基因组时代的科学研究，针对基因表达产物进行检测与定量。因此更能反应出生物体生理条件下的水平与状态。
4. 蛋白质质谱图包含什么
常见的蛋白质鉴定方法有：
一、最简单的方法就是对所要鉴定的物体进行灼烧
二、使用化学药剂进行化学反应来鉴定蛋白质
三、较为精准的方法是使用仪器进行蛋白质鉴定，如质谱仪等
在生物学研究中经常会遇到一些关于蛋白质鉴定的问题，如单一蛋白质或者简单混合物的鉴定；对单一蛋白质的序列分析等。这一类蛋白质鉴定，在精密度上要求较高，所以几乎都是采用质谱仪器，来对蛋白质进行精密鉴定。
质谱技术是鉴定蛋白质的其中一种平台技术。可用到的质谱仪有Thermo Fisher的Q Exactive质谱仪，LTQ Orbitrap Velos质谱仪，以及AB SCIEX的6500 Q TRAP质谱仪。所在鉴定机构的不同，在硬件品牌的使用上也会有不同。
蛋白质鉴定的流程一般分三大步：蛋白质提取、纯化、鉴定。这个流程是一个将蛋白质层层“解剖”的过程，从中我们可以对蛋白分子量进行测定，蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质进行鉴定，非变性质谱分析以及Pull-down靶蛋白质谱鉴定等，较为细致的去分析蛋白质中的各种物质、性质等。
5. 质谱和蛋白组学
基因组：以生物体所有的核酸为研究对象，狭义的基因组定义为生命体的全套DNA，广义的基因组则包含DNA、mRNA、lncRNA等参与到基因表达调控的所有核酸序列。其主要研究手段为基因测序，以华大基因为代表。转录组通常可认为是基因组的简化研究手段，即所有转录本的集合。
蛋白组：生物体基因组所编码的全套蛋白质。鉴于蛋白质表达的时空特异性，各组织器官或者特定亚细胞结构器（如线粒体、叶绿体），甚至是外泌蛋白，也可以成为一个蛋白组。所以蛋白质组是信号转导、分子发育最为直接的手段。其主要研究手段为生物质谱，在国内以牟合蛋白为典型。
6. 蛋白质谱的原理与使用
1.圆二色光谱(简称CD谱)是应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法，是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单、较准确的方法。它可以在溶液状态下测定，较接近其生理状态。而且测定方法快速简便，对构象变化灵敏，所以它是目前研究蛋白质二级结构的主要手段之一，并已广泛应用于蛋白质的构象研究中。
2.根据CD谱法的原理和测试要求设计制成的仪器称为圆二色光谱仪。目前圆二色光谱法及其仪器已广泛应用于有机化学、生物化学、配位化学和药物化学等领域,成为研究有机化合物的立体构型的一个重要方法。
7. 蛋白质谱的应用
ABPP (Activity-based protein profiling) 技术是运用化学合成的具有高选择性的分子探针(activity-based probe，ABP)对蛋白质的结构与功能进行研究的新型技术。
它整合了生物学和化学学科的各自优势，以一种相对简单明了的方法在分子、细胞水平研究活性小分子与生物大分子之间的复杂相互作用，从而从分子水平揭示生物体在生理或病理状态下的关键调控机制。
ABPP技术目前应用于对重要药物靶点蛋白质的结构与功能研究的主要方法之一。
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