近年来，云南省建立了农产品质量认证管理体系，迄今为止已有３４８个产品通过绿色食品质量认证。
云南省政府于２００２年成立了云南省绿色食品中心，负责全省绿色食品质量认证服务工作。２００３年，该中心开始全面负责农产品质量安全监督、有机农产品、绿色食品和无公害农产品质量认证的组织申报和标识管理工作。目前，云南全省１６个州市都成立了农产品质量安全中心或指定了专门的机构具体负责绿色食品、无公害农产品和有机食品的质量认证组织和标识使用管理工作。
到目前为止，云南全省已有３４８个产品通过绿色食品质量认证，认证面积14万公顷，畜禽产品２３０万头（只），产量１２４万吨；已认证无公害农产品４７０个，认证面积17.2万公顷，畜禽产品６６４万头（只），产量２５０万吨；认证有机农产品７２个，面积62.8万公顷，产量３．５万吨。
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