国家农业产业化示范基地——济宁食品工业开发区依托金乡大蒜、圆葱、辣椒及棉花等产业资源优势，紧紧围绕“特色突出、链条完备、品牌集聚、国内一流”的发展定位，重点发展大蒜初深加工、辣椒制品、烘焙休闲食品和生物科技四大主导产业。
大蒜加工产业
济宁食品工业开发区坐落于素有“中国大蒜之乡”美誉的山东省济宁市金乡县，金乡县种植大蒜的面积、产量、品质、出口量均居全国之首,全县常年种植大蒜稳定在70万亩左右，产量80万吨。加上周边可达180万亩，年产量可达200余万吨，出口美国、俄罗斯、日本、法国等180多个国家和地区。
依托金乡大蒜的资源优势，园区在精深创新产业区发展以大蒜为主导的相关产业,规划建设了2400亩的国际大蒜产业园，重点发展大蒜食品、保健品及医药等产业，形成国内大蒜果蔬精深科技产业的发展基地。目前，国家农业产业化龙头企业华光集团、新加坡翱兰食品、成功生物科技、宏泰冷藏等数十家企业已入驻园区。
辣椒及调味品加工产业
由于金乡县种植的辣椒产量高、品质好，近两年来种植面积不断扩大，栽培的品种也逐年增多。2013年，金乡县也被评为“中国辣椒之乡”。金乡县辣椒年种植面积达26.8万亩，并以金乡县为中心，迅速带动成武、定陶、菏泽、单县、嘉祥、丰县等周边地区辣椒种植业的发展，总种植面积可达40万亩，品种主要有宝塔红、金塔、大元帅、辣丰、山鹰等，年产约55万吨。近年来，金乡县辣椒产业发展迅速，组织成立了金乡县辣椒产业协会，拥有兴旺、益农、天宇等十几家辣椒专业合作社及齐盛食品、斯米达食品、宏大食品、东运食品等多家辣椒产品加工企业，主要生产辣椒粉、辣椒酱、蒜蓉辣椒酱和冷冻辣椒等产品。
依托金乡县及周边县市区辣椒资源优势，园区大力发展辣椒速冻产品、酱制品、辣椒精、辣椒红色素及辣椒碱等精深加工产业，打造华东地区的第一辣椒产业集群。此外，金乡县还盛产优质的大蒜、洋葱、大葱、香葱等香辛料作物，在园区良好的大蒜和辣椒加工产业基础之上，延伸发展调味料、调味包、风味酱等调味品产业。目前，齐盛食品、斯米达食品等多家企业已入驻园区。
烘焙休闲食品产业
烘焙类食品主要以小麦粉、鸡蛋、糖等为原料。济宁作为畜禽养殖大市，家禽每年出栏量为两亿多只，禽蛋产量位居山东省第一。2012年，全市禽蛋产量为60.2万吨。坐落于济宁食品工业开发区的山东峪口禽业有限公司主要经营蛋种鸡繁育，年可提供优质峪口蛋鸡(鸡蛋)6000万只(枚)。近年来，我国烘焙食品行业运行状况良好，消费升级、政策推动、标准重建以及外资涌入、内资合并等诸多因素都加速了烘焙类食品行业的发展。
园区借助国内外知名品牌稻香村、惠康食品的入驻，北京峪口禽业丰富的蛋品资源优势及周边对烘焙食品强烈的市场需求，发展烘焙食品产业。该产业主要发展旅游食品、休闲食品、快餐食品、低糖、低脂、清淡和营养平衡的烘烤食品，引进和培育烘烤食品龙头企业，以专业化产业为突破口，推动产业结构升级。
生物及医药产业
金乡大蒜的营养价值、药用价值极高。根据中科院组织专家对全国不同产区的大蒜进行主要药用成分的化验测定，金乡大蒜含有防癌和抑制肿瘤作用的稀丙基硫化物等药用成分。蒜氨基酸和大蒜素具有很好的抗菌作用，将逐步取代其他抗生素成为生物抗菌药物。大蒜素生物农药制品不仅能够杀菌抗虫病，还能促进植物生长，实现农产品从生产到消费的“无害化”。此外，金乡县也是著名的“圆葱之乡”和“辣椒之乡”。
随着大蒜、辣椒、圆葱的药用及保健功效逐渐被熟知，大蒜、辣椒及圆葱制品的研发已成为国际焦点，同时，山东作为全国食品、医药产业强省，具有多家大型食品医药企业。其中，济宁地区有鲁抗、辰欣、瑞中、方健等企业，而以食品、医药为主导产业的济宁食品工业开发区在发展食品、保健品和生物医药产业上具有得天独厚的政策优势、资源优势和区位优势。因此，开展蒜氨酸、大蒜素注射液、大蒜肠溶片、高浓缩超效大蒜精、大蒜素生物农药、辣椒素、圆葱油等生物医药产业，具有广阔的市场前景和良好的经济效益。目前，美国益宝生物、滨渤生物、旺成贸易等十多家生物保健企业已入驻园区。
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