按照新的《管理办法》规定，食品卫生许可证分为“食品卫生许可证、食品卫生许可证（副本）”、“食品摊贩卫生许可证”和“临时食品卫生许可证”，由省卫生行政部门指定单位，按照卫生部规定的式样统一制作。
“食品卫生许可证”有效期4年；“食品摊贩卫生许可证”有效期1年；“临时食品卫生许可证”有效期最长不超过6个月。同一食品生产经营者在同一地点从事多项食品生产经营活动的，发放一个卫生许可证；在两个以上地点从事食品生产经营活动的，分别发放卫生许可证。食品生产经营者在筹建过程中需要卫生许可证明的，卫生行政部门经选址和设计卫生审查合格，可以发放“临时食品卫生许可证”，并注明“仅供办理工商注册使用”字样。
食品卫生许可证应当载明单位名称、法定代表人或负责人（业主）、地址、许可范围、许可证编号、有效期限、发证机关及日期等内容，加盖卫生行政部门公章，加注防伪条码。对实施量化分级管理制度并确定食品卫生信誉度等级的，还应加贴“食品卫生等级标志”。
食品生产经营者申请变更单位或地址名称、法定代表人或负责人（业主）的，应提交工商行政管理部门或有关部门出具的证明文件，向原发证机关提出申请。卫生行政部门受理变更申请后，应在三日内办理变更手续。食品生产经营者申请变更生产经营地点、增加许可范围的，应重新申请办理卫生许可证。变更后的卫生许可证编号、有效期限不变，并注明“变更”字样，原卫生许可证收回。
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