国家认证认可监督管理委员会是统一管理、监督和综合协调全国认证认可工作的主管机构，各认证机构包括有机产品认证机构的设立，必须事先获得CNCA的行政审批。 中国合格评定国家认可委员会（CNAS）由国家认监委依法授权作为唯一的认可机构，中国认证认可协会（CCAA）负责对认证人员（包括有机产品认证检查员）进行注册。有机产品认证机构在获得CNCA行政审批后，还需按CNAS-CC23：2006《产品认证机构通用要求》有机产品认证的应用指南的要求编制质量管理手册，并经CNAS审核认可后，方可从事有机产品认证活动。从事有机产品认证的检查员必须经过培训机构的培训并在获得CCAA的注册后，方可从事有机产品认证检查活动。
各省、自治区、直辖市质量技术监督局和各直属出入境检验检疫局为地方认证监督部门，在认证监督管理业务上接受CNCA指导。
有机生产、经营企业：企业可以向任何一家认证机构申请认证，并可以与咨询机构签订协议，由咨询机构提供技术服务协助企业通过有机认证。
CNCA和地方认证监管部门共同实施对有机产品认证活动的监督。进行监督的主要方法有以下几种：
报告制度。有机产品认证机构每月向CNCA和CNAS报告获证信息和从事认证活动的有关情况。
询问制度。CNCA对有机产品认证机构的有关事项进行询问，通过询问，及时发现问题，对不当的行为予以告诫。
举报制度。任何单位和个人有权对认证活动存在的问题向CNCA进行举报，CNCA或地方认证监督管理部门会及时调查处理。
抽查制度。为了提高认证工作对提升产品质量的作用，降低认证风险，CNCA可以采取组织专项监督检查、组织同行评议、向被认证企业征求意见等方式，对认证活动和认证结果进行抽查。运用专项检查针对性强、突击性强的特点，准确发现认证机构存在的严重问题，快速解决影响认证行业信誉和认证有效性的突出问题,以迅速提高认证机构的质量意识，形成重质量重信誉的良好行业风气。
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