第一阶段为自查自纠阶段，主要是督促餐饮消费单位开展自查自纠；调查和掌握非法食品添加物质和滥用食品添加剂的品种和易被添加的食品类别。
第二阶段为清理整顿阶段，主要是采取有效措施，加大监督检查力度，使违法添加非食用物质和滥用食品添加剂现象得到明显纠正；曝光一批违法添加非食用物质和滥用食品添加剂的餐饮消费经营单位，查处一批违法违规的单位和个人。
第三阶段为规范巩固阶段，主要是完善治本措施，建立健全有效的餐饮消费环节食品添加剂使用监管机制；建立和实施餐饮消费环节食品添加剂使用的管理制度。
国家食品药品监督管理局要求各省、自治区、直辖市食品药品监督管理局和食品消费监管部门结合实际，认真贯彻落实，及时将专项整治的进展情况报送国家食品药品监督管理局。
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