针对全区农业生产规模化小、生产分散，食品生产经营企业“小、散、乱”等现状，整顿工作分为部署自查、集中整治、巩固提高、总结验收四个阶段进行，范围涉及食品添加剂、农产品、生产加工食品、流通领域食品、餐饮消费食品、畜禽产品、水产品、进出口食品、保健食品九大重点领域。其中，违法添加非食用物质和滥用食品添加剂是首要打击重点。同时，在农产品、水产品质量安全领域，自治区将加强监管，实现生鲜乳中三聚氰胺检测合格率100%，无公害农产品抽检合格率稳定在98%以上，林果产品农药残留监测合格率达到96%以上，水产品药物残留抽检合格率达到95%以上。在生产加工环节，重点整顿小企业、小作坊，严厉打击制售假冒伪劣食品、使用非食品原料和回收食品生产加工食品的行为。在食品流通环节，要求各级批发商、大型商场及连锁超市、生产厂家100%进入食品安全电子监管系统，零售商90%使用“一单通”，全区50%行政村至少创建一个“食品安全示范店”。在餐饮消费环节，将严厉查处餐饮单位无证经营行为，重点整顿学校食堂、建筑工地食堂、农家乐旅游点、小型餐饮单位，同时加大熟食卤味、盒饭、冷菜等高风险食品和餐具清洗消毒等重点环节的监督检查力度。
新疆维吾尔自治区食品安全协调领导小组办公室负责对各地整顿工作进行组织、指导和监督。目前。食品安全各相关部门已根据本部门实际和职责分工，制定了具体的食品安全整顿实施方案，成立了组织领导机构，自治区食品安全整顿工作全面启动。
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