办法明确，禁止食品经营者经营下列13种食品：用非食品原料生产的食品或者添加食品添加剂以外的化学物质和其他可能危害人体健康物质的食品，或者用回收食品作为原料生产的食品；致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属、污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品；营养成分不符合食品安全标准的专供婴幼儿和其他特定人群的主辅食品；腐败变质、油脂酸败、霉变生虫、污秽不洁、混有异物、掺假掺杂或者感官性状异常的食品；病死、毒死或者死因不明的禽、畜、兽、水产动物肉类及其制品；未经动物卫生监督机构检疫或者检疫不合格的肉类，或者未经检验或者检验不合格的肉类制品；被包装材料、容器、运输工具等污染的食品；超过保质期的食品；无标签的预包装食品；国家为防病等特殊需要明令禁止经营的食品；食品的标签、说明书不符合《食品安全法》第四十八条第三款规定的食品；没有中文标签、中文说明书或者中文标签、中文说明书不符合《食品安全法》第六十六条规定的进口的预包装食品；其他不符合食品安全标准或者要求的食品。
办法明确，社会团体或者其他组织、个人在虚假广告中向消费者推荐食品，使消费者的合法权益受到损害的，与食品生产经营者承担连带责任。食品广告中不能含有食品安全监管部门或者承担食品检验职责的机构、食品行业协会、消费者协会向消费者推荐食品的内容。违者没收违法所得，依法对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过、降级或者撤职的处分。
办法规定，今后，食品经营者只有在依法取得《食品流通许可证》后，才能向工商机关申请办理工商登记。国家工商总局负责人表示，已经取得卫生许可证且在有效期内的，可继续沿用卫生许可证，新开办的或者卫生许可证到期的食品经营者需按规定申领食品流通许可证。
对食品退市制度，办法明确，食品经营者一旦发现其经营的食品不符合食品安全标准，应立即停止经营，下架单独存放，通知相关生产经营者和消费者，记录停止经营和通知情况并报告辖区工商机关。否则，工商机关可责令其停止经营。
一旦发生食品安全事故，食品经营者还应对导致或可能导致食品安全事故的食品及原料、工具、设备等，立即采取封存等控制措施，并自事故发生之时起2小时内向所在地县级人民政府卫生行政部门报告。
工商部门在执法中需要对食品进行检验的，可委托符合《食品安全法》规定的食品检验机构进行检验，并支付相关费用。工商部门抽验、快速检测食品，应购买样品，支付相关费用，不得收取食品经营者的检验费和其他任何费用，所需经费由同级财政列支。
食品经营者应配合抽样检验，如实提供被抽样检验食品的相关票证、货源、数量、存货地点、存货量、销售量等信息。
工商部门应自收到检验结果5个工作日内，将抽样检验结果通知被抽验人，责令其停止销售不符合食品安全标准的食品，监督其他食品经营者对同一批次的食品下架退市，并按照有关规定，准确、及时、客观地公布食品安全抽样检验信息。
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