原食品许可司更名为保健食品化妆品监管司，其主要职责为：承担保健食品许可和化妆品卫生许可管理工作；承担保健食品审批工作；拟订保健食品许可技术规范并监督实施；拟订保健食品生产经营管理规范并监督实施；拟订化妆品卫生许可规范；拟订化妆品卫生标准和技术规范；承担化妆品新原料使用、国产特殊用途化妆品生产和化妆品首次进口等的审批工作；依法承担有关化妆品安全性评审工作；承担化妆品卫生监督管理工作；承办局交办的其他事项。保健食品化妆品监管司内设综合处、许可一处、许可二处、生产经营监督处。
食品安全监管司主要职责调整为：承担餐饮服务环节食品安全监管工作；承担餐饮服务许可管理工作；拟订餐饮服务许可管理制度并监督实施；拟订餐饮服务食品安全管理规范并监督实施；承担餐饮服务食品安全状况调查、监测和评价工作；发布与餐饮服务食品安全监管有关的信息；拟订餐饮服务食品安全监督管理稽查制度并监督实施；指导餐饮服务环节食品安全检验检测工作；指导地方餐饮服务环节食品安全事故处理相关工作；承办局交办的其他事项。食品安全监管司内设综合处、食品监督处、监测评价处、食品稽查处。
稽查局不再承担有关拟订餐饮服务食品安全监督管理稽查制度并组织实施的职责。
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