2012年1月30日，卫生部网站发出的《食品安全国家标准“十二五”规划（征求意见稿）》（以下简称《征求意见稿》）提出，我国“十二五”期间将全面清理整合现行食品标准。到2015年年底前，基本完成相关标准的整合和废止工作。
《征求意见稿》提出了食品安全国家标准“十二五”规划的主要任务：
一是全面清理整合现行食品标准。对现行食用农产品(10.72，-0.09，-0.83%)质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准以及行业标准中强制执行内容进行清理，解决标准间交叉、重复、矛盾等问题。对涉及食品安全的指标和强制执行的质量指标进行比较分析，确定标准清理的原则和方法并开展清理工作。到2013年底，基本完成对现行1900项食品国家标准和3000余项食品行业标准中强制执行内容的清理，根据标准清理结果，提出现行标准继续有效、整合和废止相关标准或技术指标的清理意见；根据标准清理结果，2015年底前基本完成相关标准的整合和废止工作。
二是加快制定、修订食品安全基础标准。重点做好食品、食品添加剂和食品相关产品的污染物、生物毒素、致病性微生物等危害人体健康物质限量、农药和兽药残留限量，以及食品添加剂使用、食品标签、食品安全术语、分类等食品安全基础标准制定、修订工作。2015年年底前，修订食品污染物、生物毒素、农药和兽药残留等限量标准和食品添加剂使用、食品添加剂产品标准、食品标签标准；制定食品安全术语、分类标准；制定食品致病性微生物限量标准和食品生产经营过程的指示性微生物控制要求，制定餐饮业即食食品微生物标准，科学设置食品产品中的微生物指标和限量；完善食品容器、包装、加工设备材料标准和食品容器、包装用添加剂使用等食品相关产品标准。
三是完善食品生产经营规范。按照加强食品生产经营过程安全控制的要求，做好食品生产经营规范标准制定、修订工作，强化原料、生产过程、运输和贮存、卫生管理等要求，规范食品生产经营过程，预防和控制食品安全风险。2015年年底前，制定公布食品、食品添加剂生产企业卫生规范、经营企业卫生规范、餐饮服务单位卫生规范等20余项食品安全国家标准，基本形成食品生产经营和餐饮服务全过程的食品安全控制标准体系。
四是合理设置食品产品安全标准。根据食品不同特性和可能存在的风险因素，以风险评估为依据，制定食品中基础标准不能涵盖的危害因素限量要求和食品安全相关的强制性质量指标，覆盖日常消费量大的食品原料及产品等。2015年年底前，制定、修订肉类食品、水产品、粮食、食用油脂、酒类、调味品、豆类制品、饮料等主要大类食品产品标准，侧重通用性和覆盖面，避免标准间的重复和交叉。
五是建立健全配套食品检验方法标准。针对食品安全国家标准中规定的限量指标，制定、修订配套的检测方法标准。2015年年底前，重点制定、修订食品中各类污染物、微生物、农药和兽药残留、食品添加剂以及产品标准指标、包装材料等分析检测方法标准，进一步完善食品毒理学安全性评价程序和检验方法等标准。
此外，《征求意见稿》还提出完善食品安全国家标准管理制度，开展食品安全国家标准相关研究，加强食品安全国家标准宣传、沟通交流及贯彻实施，提高参与国际食品法典事务的能力。
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