按照协议，各协作单位建立六项工作机制，即监管执法协作会议机制、食品安全重大信息通报机制、部门案件协查机制、案件线索执法联动机制和行政执法与刑事司法衔接机制、食品企业信用分类信息通报机制、日常工作联系机制。
根据协议，今后该省将每个季度召开一次食品安全监管执法协作会议，由协作单位轮流负责召集，各相关食品监管部门负责人参加，及时交流通报食品安全监管执法情况，建立执法信息沟通机制和食品安全重大信息通报机制。对发生涉及两个以上部门监管的重大食品安全案件，由案件主办单位负责召集相关的食品安全监管部门进行案情协商。协作单位对发生在本监管职责内需要其他部门协调进行调查取证的案件，要及时与该协作单位取得联系，协作单位要积极配合，进行案件协查。各监管部门在监管执法和群众举报中发现的涉及食品安全的刑事案件，要及时通报公安机关进行线索梳理，属于刑事案件的，公安机关要立案侦查。相关部门要积极配合公安部门调查取证，主动提供线索和支持。各监管部门要向协作单位及时提供食品生产加工、经营、餐饮服务单位注册登记信息，建立食品企业单位信用等级，做到信用分类信息共享。各部门要及时互通监管信息，加强舆情监测。要保持密切联系，定期沟通工作情况。
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